La segunda temporada escenifica la vida de Isabel durante la guerra civil por el trono entre los partidarios de Isabel y Fernando y los de Juana la Beltraneja (1475-1479). Posteriormente cubre algunos sucesos de la Guerra de Granada, la expulsión de los judíos y los preparativos del primer viaje de Cristóbal Colón a «Las Indias».
Tras proclamarse reina de Castilla en Segovia a la muerte de su hermanastro el rey Enrique IV de Castilla, Isabel tiene que ganarse junto a su marido Fernando de Aragón la lealtad y el apoyo de los nobles para consolidar su reinado. Sin embargo, un grupo de nobles contrarios a ella defiende los derechos sucesorios de Juana, conocida como la Beltraneja. Para ello, acuden a Portugal, cuyo rey, Alfonso V, establece una alianza, se casa con su sobrina Juana y declara la guerra contra el bando isabelino. Comienza así lo que se conoce como la Guerra de Sucesión Castellana. Tras años de conflicto, la guerra concluye con la victoria isabelina, el encierro de Juanita en un convento, el fallecimiento del rey Alfonso, la proclamación de Juan II como nuevo rey de Portugal y la promesa de matrimonio entre el único hijo de éste y la primogénita de Isabel y Fernando.
Mientras duraba la contienda en Granada, Isabel escucha la propuesta de un navegante llamado Cristobal Colón sobre un viaje a las Indias.
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